DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1186 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCCCC2Oc2cccc(Nc3nc(C4CCCC4)no3)c2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1187 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6cc(Cl)cc(C(F)(F)F)c6)CCCC5)no4)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1188 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6cc(C(F)(F)F)ccn6)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1189 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C(C)(C)C)no4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1190 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(C)(C)O)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1191 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5CCCCC5)ns4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1192 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)NC(C)(C)C)CCC5)no4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1193 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C(C)(C)C(O)C5CC5)no4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1194 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCCC2c2ccc(Cl)c(Nc3ccccc3)c2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1195 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(c3ccc(C4(C(=N)N)CCCC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1196 CC1(C)CCC(Nc2cc(Nc3ccccc3)nc(NCC3CCCCC3)n2)CC1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1197 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5CCCC5)no4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1198 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(N)ncc4C(=O)NC4CCCC4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1199 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Oc3cccc(Nc4nc(C5(C(=O)Nc6cccc(Cl)c6)CCCC5)no4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1200 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC(Nc3nc(-c4cccc(Cl)c4)no3)CC2)cc1 AlphaDrug 3V4T ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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