DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1156 Cc1cccc(-c2cc(Cc3ccccc3CNC(=O)c3ccccc3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 5DQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1157 Cc1cccc(-c2cc(Cc3ccccc3)cnc2C(=O)O)c1 AlphaDrug 5DQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1158 Cc1ccc2cccc(CCN(C)C)c2c1 AlphaDrug 5DQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1159 Cc1cccc(-c2cc(Cc3cccc(C#N)c3)cc3ccncc23)c1 AlphaDrug 5DQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1160 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCc3ccc(C(=O)O)cc3)ccc2-c2ccc(O)c(C)c2)cc1 AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1161 COc1ccc(-c2cc3c(O)c(C(=O)NC4CCCCC4NC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)ccc3o2)cc1 AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1162 COc1ccc(Oc2ccc3ccccc3c2C)cc1N1C(=O)NOC(=O)c2cc(O)cc(O)c21 AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1163 COc1cccc(O)c1C(=O)c1c(C(=O)O)ccc(C(C)(C)C)c1C AlphaDrug 5VP9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1164 CC(c1cccc(Cl)c1)N1CCCC1C(=O)Nc1cc2cc(-c3cccc(C(=O)O)c3)ccc2o1 AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1165 COc1ccc(Oc2ccc(-c3cccc(C)c3)cc2)cc1-n1cnc2ccccc2c1=O AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1166 O=C(NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O)c1cc2ccc(-c3ccc(O)c(N4CCCC(O)C4)c3)cc2s1 AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1167 COCC(O)C(CO)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1ccc(N2CCOCC2)cc1 AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1168 O=C(NC1CC(c2cccc(O)c2)C(CO)OC1COC(=O)c1ccccc1O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1169 CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)c1cccc2ccccc12)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 5VP9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1170 CC(C)Cc1cc(-c2cc(CNC3CCCC3)cc3ccccc23)ccc1N1CCCC1 AlphaDrug 4YK0 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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