DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1111 Cn1c(Nc2ccc(-c3nnn4ccccc34)cc2)nc(NC2CCOC(C)(C)CC2)c1-c1ccc(N)cc1 AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1112 OC1CC(O)CN(c2ncnc3c(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cnn23)C1 AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1113 CC1(C)CCC(Nc2nc(-c3ccc(C#N)cc3)cn3c(N)nc(N)c23)CC1 AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1114 OC1CC(O)CN(c2ncnc3c(NC4CC4)nc(-c4ccc(F)cc4)nc23)C1 AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1115 CC(O)C(CNC(=O)c1ccc(-c2cnc(N)c(C(F)(F)F)n2)cc1)C(=O)NC1CCCCCC1 AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1116 Cn1cnc2c(Nc3ccc(-c4nnn5ccccc45)cc3)nc(NC3CCC(C)(C)OC3)nc21 AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1117 Cn1c(Nc2ccc(-c3nnn4ccccc34)cc2)nc(NC2CCCC(C)(C)C2)c1-c1ccc(N)cc1 AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1118 CC1=CCC(NC(=O)c2ccc(NC(=O)c3ccc(-c4cnc5ccc(-c6cnn(C)c6)cc5n4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1119 CC1=CC(Oc2ccc(C(=O)Nc3cccc(C(=O)O)c3)cc2)CC(C)(C)C1(C)C AlphaDrug 5OS8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1120 NC(N)=Nc1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3cccc(Oc4cccc(C(F)(F)F)c4)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1121 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(-c3cccc(COc4ccc5oc(=O)[nH]c5c4)c3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1122 NC(=O)COc1cc(Cl)c(S(=O)(=O)Cc2cccc(Cl)c2)cc1-c1ccc(N=C(N)N)cc1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1123 Cc1cc(-c2ccc(N=C(N)N)cc2)cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1124 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c(Cl)c(O)c2O)cc1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1125 NC(N)=Nc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(O)c4ccccc4)c3)cc(O)c2O)cc1 AlphaDrug 6DPX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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