DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1006 COC(C#N)C(O)C(O)CNC(=O)C(O)Cc1ccc2nc(-c3ccnc(C)c3)[nH]c2c1 AlphaDrug 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1007 COC(c1cccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)C(O)C(O)CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1008 COC(c1cccc(C#N)c1)C(O)C(O)CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(C)cc2)cc1 AlphaDrug 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1009 COC(c1cccc(-c2noc3c(C)cccc23)c1)C(O)C(O)CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1010 COC(c1cccc(-c2cnc(C3CC3)nc2C)c1)C(O)C(O)CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(O)cc2)cc1 AlphaDrug 4OAK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1011 Cc1cc(-c2nc(-c3ccc(Cl)c(N)c3)sc2C)ccc1CNCCc1ccccc1 AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1012 Cc1sc(-c2cc(F)ccc2F)nc1-c1ccc2c(n1)CC(C(=O)NC(N)c1cccc(Cl)c1)C2 AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1013 Cc1sc(-c2ccccc2)nc1-c1ccc(CN2CCC(C(F)(F)F)C2)c(NS(=O)(=O)c2ccccn2)c1C AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1014 Cc1sc(-c2cccc(NC(=O)CO)c2)nc1-c1cccc(COc2ccccc2)c1C(F)(F)F AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1015 Cc1sc(-c2ccccc2)nc1-c1ccc(CN2CCC(C(=O)O)C2)c(Cc2ccccc2)c1 AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1016 Cc1c(-c2ccc(Cl)c(N)c2)cnc2cc(-c3ccc(Cl)c(NC4CCCCC4)c3)nn12 AlphaDrug 5NWE ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1017 Cc1sc(N2CCC(N3CCC(O)(P(=O)(O)O)CC3)CC2)nc1-c1ccc(CN2CCC(C(F)(F)F)C2)c(NS(=O)(=O)c2cccc(Cl)c2Cl)c1Cl AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1018 Cc1sc(-c2ccccc2)nc1-c1ccc(CN2CCC(C(F)(F)F)C2)c(C(=O)Nc2ccccc2)c1Cl AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1019 Cc1ccc(-c2nc(-c3nnc(C(F)(F)F)n3-c3ccc(C)c(N)c3)sc2C)cc1 AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1020 Cc1sc(-c2ncccn2)nc1-c1ccc(CN2CCC(C(F)(F)F)C2)c(NS(=O)(=O)c2cccc(Cl)c2Cl)c1 AlphaDrug 5NWE ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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