DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
961 CC1CN(C)CCC(C)(C)c2cc(C(=O)NCc3ccccc3)ccc21 AlphaDrug 5IA2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
962 Cc1nc2ccc(O)cc2c2nc(-c3cccc(OCCN4CCOCC4)c3)cnc12 AlphaDrug 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
963 Cc1nc2ccc(Cl)cc2n1-c1ccc(NC(=O)Nc2ccc3ccccc3c2)c(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4PFU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
964 Cc1nc2ccc(Cl)cc2n1-c1ccc(NC(=O)NC2CCC(C(=O)NC3CCCN(c4ccccc4)C3)CC2)cc1 AlphaDrug 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
965 Cc1nc2ccc(Cl)cc2n1-c1ccc(NC(=O)NC2CCC(N(C)C)CC2)cc1 AlphaDrug 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
966 Cc1nc2ccc(F)c(Oc3ccc(NC(=O)Nc4cccc(Cl)c4)cc3)c2s1 AlphaDrug 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
967 Cc1nc2ccc(Cl)cc2n1-c1ccc(NC(=O)CCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
968 Cc1nc2ccc(Cl)cc2n1-c1ccc(NC(=O)NC2CCC(N3C(=O)c4ccccc4C3(C)C)CC2)cc1 AlphaDrug 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
969 Cc1nc2ccc(Cl)cc2n1-c1ccc(NC(=O)C2CCN(c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
970 Cc1nc2ccc(Cl)cc2n1-c1ccc(NC(=O)NC2CCCC(CN)CC2)cc1 AlphaDrug 4PFU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
971 CC(C)c1cc(C(CO)NC(=O)COc2ccc(OC(F)(F)F)cc2)ccc1C(=O)Nc1ccccn1 AlphaDrug 5TKK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
972 CC(C)c1cc(C(Cc2ccc(O)c3ccccc23)c2ccccc2)ccc1C(=O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 5TKK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
973 Cc1cccc2cc(CNC(=O)c3cc(C(C)C)c4cc(OC(F)(F)F)ccc4c3)cnc12 AlphaDrug 5TKK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
974 CC(C)c1cc(C(Cc2ccc(O)c3ccccc23)NC(=O)C2CCCCC2)ccc1C(=O)Nc1ccccc1F AlphaDrug 5TKK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
975 Cc1cccc2c(C(C)C)cc(-c3cnc(C(=O)NC4CCCCC4)nc3OC3CCCCC3)cc12 AlphaDrug 5TKK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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