Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
931	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(-c6ccncc6)cc5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
932	Cc1cccc(/C2=C(\CN)CC(=O)NC(CCC3CCCCC3)C(=O)NC(Cc3ccc(F)cc3)C2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
933	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(C5CCCCCC5)CCCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
934	Cc1cc(CN2CCN(S(=O)(=O)c3ccc(N4CCCC4)cc3)CC2)cc(C2CCCCCC2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
935	Cc1cccc([SH](N)(=O)Nc2cc(F)cc(CCC3CCN(CC(=O)NC4CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
936	C[SH](=O)(Cc1ccc(-c2cc(C(N)CN3CCN(c4ccc(Cl)cc4)CC3)cs2)cc1)C1CC=CCCC1	AlphaDrug	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
937	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(F)cc5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
938	CS(=O)(=O)Nc1cccc(-c2ccc(N)c([SH](C)(=O)Cc3ccc(-c4cc(C(=O)O)cs4)cc3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
939	Cc1cccc([SH](N)(=O)NC(=O)c2cccc(-n3cnc4c(N)ncnc43)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
940	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(C5CCN(C6CC6)CC5)CC=CCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
941	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5cccc(F)c5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
942	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)c(OC4CCCCCC4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
943	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)N4CCC5(CC4)CN(C(=O)c4cccc(O)c4)C5)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
944	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)O)cc3F)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
945	CC(C)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCN(c3ccc(C(=O)Nc4cccc(OCC(=O)O)c4)cc3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	6GOT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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