DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
841 CC(C(=O)NCC(O)CN(C)c1ccncc1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4QFO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
842 CC(C(=O)N1C=CN(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1)c1cnn(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4QFO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
843 CC(C(=O)N1CCN(c2ccccc2Cl)CC1)c1cnn(-c2ccccc2Cl)c1 AlphaDrug 4QFO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
844 COc1ccccc1-n1cc(C(C)C(=O)N2CCN(c3ccccc3Cl)CC2)cn1 AlphaDrug 4QFO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
845 CC(C(=O)N1CCN(c2ccnc3c(-c4ccccc4)ccnc23)CC1)c1ccccc1 AlphaDrug 4QFO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
846 Cc1nc2ccc(C(=O)Nc3ccc(Cl)c(Cl)c3)cc2o1 AlphaDrug 4QFO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
847 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(C5CCCCC5)CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
848 C[SH](=O)(Cc1ccc(-c2cc(C(N)CN3CCCCC3)cs2)cc1)c1cc(N)ncn1 AlphaDrug 3LI4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
849 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5cccc(F)c5)CCCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
850 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5noc6ccccc56)CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
851 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ncccc5F)CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
852 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(-c6ccccc6CN6CCCC6)cc5)CCCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
853 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5n[nH]c6ccccc56)CCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
854 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(C6CCCCC6)cc5)CCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
855 Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(N6CCCC6)cc5)CCCC4)CC3)c2)c1 AlphaDrug 3LI4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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