Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
856	Cc1cc(Nc2cc(-c3cccc(NS(C)(=O)=O)c3)ccn2)ccc1N1CCC(N2CCCCC2)CC1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
857	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(C5CCCCCCC5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
858	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(-c6ccccc6C6CCCCC6)cc5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
859	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(C6CCCCC6)cc5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
860	Cc1cccc([SH](N)(=O)Nc2c(F)cc(-c3cccc(NS(C)(=O)=O)c3)cc2F)c1	AlphaDrug	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
861	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ccc(-c6cccnc6)cc5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
862	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(C5CCN(C(=O)NO)CC5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
863	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
864	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5cccc(Cl)c5)C=CCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
865	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5nnon5)CCCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
866	CC1(C(=O)O)CCC(c2ccc(C3(NC(=O)C4(c5cc(-c6cccc(N)c6)cc(C(F)(F)F)c5)CC4)CCCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
867	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5nc(N)no5)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
868	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5ncc(C6CC6)cc5F)CCCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
869	Nc1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)cc(C3(C(=O)NC4(c5cccc(F)c5)CCCC4)CC3)c2)c1	AlphaDrug	3LI4	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
870	C[SH](=O)(Cc1ccc(-c2cc(C(N)=O)cs2)cc1)c1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cnc1N	AlphaDrug	3LI4	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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