DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
376 CC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1cc(F)ccc1C=C1CCN(C)CC1 AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
377 CC(Cc1ccc(CC(C)C(=O)O)cc1)Nc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccn1 AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
378 CC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1cc(Cl)ccc1C(=O)N1CCCC1 AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
379 CC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1cc(Cl)ccc1C(=O)NC(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OH4 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
380 CC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1cc(Cl)ccc1C(=O)Nc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
381 CC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1cc(Cl)ccc1C(=O)Nc1ccc(S(C)(=O)=O)c2ccccc12 AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
382 CC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1cc(Cl)cc(OCC(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
383 CC(C)CN1c2nc(C(F)(F)F)nc(Nc3cccc(C(C)Cc4ccc(C(=O)O)cc4)c3)c21 AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
384 Nc1ccc(-c2cc3cccc(CNC(=O)c4ccccc4)c3o2)cc1 AlphaDrug 6D15 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
385 CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NCC(=O)NC1CCCCC1)C(=O)O AlphaDrug 6D15 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
386 CC1CN(c2c(F)cccc2C(F)(F)F)C(C)CN1C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 6D15 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
387 CC1CN(c2ccc(N3CCN(C(=O)c4ccc(C(C)(C)C)cc4)CC3)cc2)CC(C)O1 AlphaDrug 6D15 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
388 Cc1cccc2[nH]c(C(=O)NC(C)C(=O)NC(C)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)O)cc12 AlphaDrug 6D15 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
389 CC(NC(=O)C(NC(=O)c1cc2ccccc2[nH]1)C1CCCCC1)C(=O)NCC(=O)NC1CCCCC1 AlphaDrug 6D15 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
390 CC(NC(=O)c1ccc(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c(F)c1)C(=O)OC(C)(C)C AlphaDrug 6D15 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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