DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
361 CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc(-c3ccc(C(=O)NC4CC4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4A9J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
362 CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc4[nH]ncc4c3)c3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 4A9J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
363 CS(=O)(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccc(O)c(O)c3)cc3cc(OCOc4ccncc4)ccc23)cc1 AlphaDrug 4A9J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
364 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc2cc(C(N)=O)ccc2c1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
365 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc(C(=O)Nc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
366 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
367 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc(C(=O)Nc2cccnc2)cc1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
368 CC(c1ccc(C(=O)O)cc1)C(NC(=O)NC(C)(C)C)C(=O)Nc1cccc(O)c1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
369 CC(C)(C)NC(=O)NC1CC(=O)N(Cc2ccc(-c3cccnc3)cc2)CC1OC(=O)Nc1ccccc1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
370 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc(C(=O)Nc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
371 CC(C)(C)NC(=O)NC(Cc1ccccc1)c1ccc(C(=O)NC2CCC(N)C2)cc1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
372 CC(C)(C)NC(=O)NC1CC=C(c2ccc(C(=O)Nc3ccccc3)cc2)C1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
373 C=C1CC(NC(=O)NC(C)(C)C)C(=O)N(Cc2ccc(C(=O)NC(CO)c3ccc(F)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 4WRB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
374 CC(Cc1ccc(C(=O)N2CCN(CC(=O)NC3CCC(N4CCOCC4)CC3)CC2)cc1)C(=O)O AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
375 CC(Cc1ccc(OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)C(=O)Nc1cc(-c2ccc(F)c(F)c2)ccn1 AlphaDrug 5OH4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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