DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
136 O=C(O)c1ccc(-c2cc(-c3cc(C(=O)O)ccc3O)ccc2O)cc1 AlphaDrug 5FCK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
137 Nc1ccc(-c2cc(OC3CC3)ccc2O)cc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5FCK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
138 CC(C)N1CCC(CNC(=O)c2ccc3c(c2)nc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)n3C)CC1 AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
139 CC(C)Nc1cc(-c2ccnc(NCCN3CCN(C(=O)CCO)CC3)n2)cc2c1c(Nc1cccc(C(F)(F)F)c1)cc(=O)n2C AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
140 CC(C)Nc1cc(-c2ccnc(Nc3ccc(C(N)=O)cc3)n2)cc2c1cc(Cl)n2C AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
141 COc1cccc(-c2ccc3nc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)[nH]c3c2)c1 AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
142 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1-c1cc(NC(C)C)c2cc(-c3ccncc3)n(C)c2c1 AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
143 CC(C)CNc1nc(-c2cccc(C(N)=O)c2)cc2c1c(-c1ccc(C(C)(C)O)cc1)nn2-c1ccncc1 AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
144 CC(C)C(=O)N1CCC(Oc2ccc(-c3cc(NC(=O)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)c4ncn(C)c4n3)cc2C#N)CC1 AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
145 Cc1ccc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1-c1cc(NC(C)C)c2ncn(C(C)C)c2c1 AlphaDrug 4OVG ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
146 CC(C)c1cc(-c2ccnc(Nc3ccc(C(N)=O)cc3)c2)cc2c1[nH]c(=O)n2C AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
147 CC1=CCCN1C(=O)c1ccc(NC(=O)c2ccc3cc(-c4ccc(C)cc4)cnc3n2)cc1O AlphaDrug 4OVG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
148 COc1ccc(-c2nc(N3CCOCC3)c3nc(OC4CC4)nc(C4CC4)c3n2)cn1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
149 COc1cc(C)cc(-c2nc(-c3ccc(C(CN4CCCC(N)C4)OC)cc3)no2)c1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
150 COC(/C=C/c1ccc(O)c(O)c1)c1ccc(OC2CC2)cc1 AlphaDrug 5F2R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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