Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13816	O=C(O)c1cccc(S(=O)(=O)c2cccc(-c3ccccc3)c2)c1	AlphaDrug	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13817	O=C(O)c1cccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccccc3F)cc2)c1	AlphaDrug	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13818	O=C(O)c1cccc(-c2nc(OCc3ccccc3)cc3ccccc23)c1	AlphaDrug	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13819	O=C(O)c1cccc(S(=O)(=O)c2ccc(-c3ccc(F)c(F)c3)cc2)c1	AlphaDrug	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13820	O=C(O)c1ccccc1C(=O)N1CCC(Oc2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1	AlphaDrug	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13821	O=C(O)c1cccc(S(=O)(=O)N2CCC(c3ccccc3C3CCCCC3)CC2)c1	AlphaDrug	5B08	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13822	COc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1C(=O)O	AlphaDrug	6I65	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13823	Cc1ccc(Cc2cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)ccc2C(=O)O)cc1	AlphaDrug	6I65	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13824	Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c(C)c1	AlphaDrug	6I65	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13825	COc1c(C)cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1C(=O)O	AlphaDrug	6I65	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13826	COc1cc(CN2CCN(c3cc(C(=O)N4CCC(c5ccc(F)cc5)CC4)ccc3Cl)CC2)cc(-c2cnnn2C)c1	AlphaDrug	6MUB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13827	COc1cc(CN2CCN(c3cc(C(=O)N4CCC(c5ccc(F)cc5)CC4)ccc3Cl)CC2)cc(-c2ccc(Cl)cc2)c1	AlphaDrug	6MUB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13828	COc1cc(CN2CCN(c3cc(C(=O)N4CCC(c5ccc(F)cc5)CC4)ccc3Cl)CC2)cc(-c2cccc(S(C)(=O)=O)c2)c1	AlphaDrug	6MUB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13829	COc1cc(CN2CCN(c3cc(C(=O)N4CCC(c5ccc(Cl)c(Cl)c5)CC4)ccc3Cl)CC2)cc(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	6MUB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13830	COc1cc(CN2CCN(c3cc(C(C)(C)C)cnn3)CC2)ccc1C(=O)NC1CCCCN(c2ccccc2)C1	AlphaDrug	6MUB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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