Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13876	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ncnn4C)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13877	Cc1ccc(OC2C=CN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5CCN(S(=O)(=O)C6CCCCC6)CC5)cc4)n3)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13878	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(NS(=O)(=O)c4ccc(F)c(Cl)c4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13879	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(Nc4ccc(N5CCOCC5)cc4)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)c(Cl)c1	AlphaDrug	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13880	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5ccccc5)c4)ccc3F)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13881	CN(C)CCCOc1ccccc1COc1ccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13882	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(Nc4cc(-c5ccccc5)no4)ncn3)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13883	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(C5CC5)cc4)n3)CC2)c(Cl)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13884	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(C5CC5)cc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13885	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5CCN(C6CC6)CC5)cc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13886	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4nc5ccccc5o4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13887	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5ccccc5)c4)cc(N)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13888	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5ccccc5)c4)cc(Cl)c3F)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13889	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(Nc4ccc(N5CCOCC5)cc4)cc(C(=O)O)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13890	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5CCN(C6CC6)CC5)cc4)n3)CC2)cn1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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