DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13921 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C4CCCC4)cc(Nc4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4)n3)CC2)cn1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13922 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4cccc(C(F)(F)F)c4)n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13923 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4nc(C(F)(F)F)cc5ncccc45)n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13924 CN(C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(F)cc3)c2)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13925 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5C=CN(C6CC6)CC5)cc4)n3)CC2)cc1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13926 CC(Cc1ccc(O)c(C(=O)O)c1)c1ccc(O)c(Cc2ccc(O)c(OCC(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13927 Cc1ccc2ncc(CC(C)c3ccc(O)c(O)c3)c(Cc3ccc(O)c(O)c3)c2c1 AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13928 CC(Cc1ccc(O)c(C(=O)O)c1)C(C)(C)Cc1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13929 CC(C)c1ccc(C(C)Cc2ccc(O)c(C(=O)O)c2)cc1OC1CC1 AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13930 COc1cc(O)ccc1CC(C)Oc1ccc(CC(=O)O)cc1OCC(F)(F)F AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13931 CC(Cc1ccc(O)c(CO)c1)Oc1cccc(C(=O)Nc2cc(O)c(O)c(O)c2)c1 AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13932 CC(Cc1ccc(O)c(C(=O)O)c1)c1ccc(O)c(Cc2ccc(O)c(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13933 CC(Cc1ccc(O)c(C(=O)O)c1)c1cc(O)c(C(F)(F)F)cc1OCC(F)(F)F AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13934 CC(Cc1ccc(O)c(C(=O)O)c1)c1ccc2c(O)cccc2c1 AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13935 CC(Cc1ccc(O)c(CO)c1)Oc1ccc(O)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5FE9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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