DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13891 CN(C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)n3)c2)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13892 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ncnc5ncncc45)n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13893 Cc1ccc(OC2C=CN(c3cc(C(F)(F)F)cc(NCc4cccnc4)n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13894 CN(C(=O)Nc1cccc2cc(-c3ccc(F)c(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)[nH]c12)C1CCCCC1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13895 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(NC4CCN(S(=O)(=O)C5CC5)CC4)n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13896 CN(C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13897 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(F)cn4)n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13898 CN(c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)c1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13899 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4)n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13900 Cc1cccc(C2(c3ccc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5cccc(F)c5)c4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13901 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5CCOCC5)cc4)n3)CC2)c(C#N)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13902 CN(C(=O)Nc1cccc2cnc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)cc12)C1CCCCC1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13903 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5ccccc5)c4)ccc3C)CC2)cc1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13904 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(C(=O)NC5CCCCC5)cc4)n3)CC2)c(F)c1 AlphaDrug 4G3D ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13905 Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(Nc4ccc(N5CCN(S(C)(=O)=O)CC5)cc4)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)cn1 AlphaDrug 4G3D ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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