DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13936 Cc1cc(Nc2ncc(C(=O)N3CCN(c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)s2)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13937 Cc1cc(Nc2ncc(F)c(N3CCOCC3)n2)cc(C(=O)Nc2cccc(-c3ccccc3)c2)c1 AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13938 Cc1cc(Nc2nc(N)c(C3CC3)s2)cc(C(=O)Nc2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13939 COc1ccc(CN2CCN(c3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13940 Cc1cc(Nc2ccc(N3CCN(c4cccc(C(=O)O)c4)CC3)cc2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13941 CC(C)n1c2ccccc2c2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc21 AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13942 Cc1cc(Nc2nc(N3CCN(C(C)(C)C)CC3)ncc2C(=O)NO)ccc1C(=O)O AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13943 O=C(O)CCCCCCCCNC(=O)c1cc(C(=O)NC2CCCc3ccc(O)cc32)ccc1OC(F)(F)F AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13944 CC(=O)Nc1ccc(-c2cc(Oc3ccc(C(=O)O)cc3)c(Cl)cc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13945 Cc1cc(Nc2ncc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cn2)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6HLY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13946 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCC(O)CC3)ccn2)c2ccc(C3CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13947 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccccc2)c2cc(F)cc(OC3CC34CCCCN(C(=O)C(F)(F)F)C4)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13948 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)c2cc3ccccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13949 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2cc3ccccc3[nH]2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13950 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2cccc(CCC3(C(=O)O)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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