DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13996 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCC(O)CC3)ccn2)c2ccc(C3CCOCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13997 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(N3CCCCC3)n2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13998 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccnc(Cc3ccccc3)c2)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13999 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14000 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCC(N)C3)ccn2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14001 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCC(O)C(CO)N(C4CCCCC4)C(C)C3)ccn2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14002 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2cc(OC3CCCCC3)cc(OC(C)C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14003 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCC3)cc2)c2ccc(N3CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14004 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(N3CCNC(=O)C3)n2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14005 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(NC3CCCC3)ccn2)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14006 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(OCC3CCCC3)cc2)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14007 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(N3CCCCC3)n2)c2ccc(C3CCCN(C(=O)C4CC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14008 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccccc2)c2cc(Cl)cc(C3(C(=O)NC(C)(C)C)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14009 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14010 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2cc(Cl)cc(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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