DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14026 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(N3CCCCC3)n2)c2ccc(C3(C(N)=O)CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14027 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2cccc(C3(C(=O)O)CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14028 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14029 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)c2ccc(C3CCCN3C)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14030 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCC(O)CC3)ccn2)c2ccc(C3(C(F)(F)F)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14031 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCCC3)cc3ccncc23)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14032 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cccc(N3CCOCC3)n2)c2ccc(C3(C(=O)O)CCCC3)cc2C)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14033 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)c2cc(O)cc(OCC3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14034 Cc1ccc([SH](=O)(c2ccc(C3(C(=O)O)CC3)cc2)N2CCC(Oc3ccccc3)C2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14035 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCCC3)cc(Nc3ccc(F)cc3)n2)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14036 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccn(CC3CCCC3)n2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14037 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCCCCC3)ccn2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14038 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCNCC3)ccn2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14039 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCCC3)ccn2)c2cc(O)cc(OCCC3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14040 CC1CCCC(NC(=O)C(CCCCCc2cccnn2)NC(=O)NC(CCCCc2ccccc2)C(=O)Nc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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