DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14086 CS(=O)(=O)c1cccc(NC(=O)C(Cc2ccccc2)NC(=O)c2ccc(OC(F)(F)F)c(-c3cccc(F)c3)c2)c1 AlphaDrug 6MA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14087 CS(=O)(=O)c1cccc(NC(=O)C(O)c2cccc(OC(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 6MA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14088 CS(=O)(=O)N1CCCCC1CSc1nc(OCc2cccc3ccccc23)ccc1F AlphaDrug 6MA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14089 CS(=O)(=O)N1CCC(CNC(=O)c2ccc(Oc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MA5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14090 O=C(O)Cc1cccc(CSc2cc3ccccc3n2Cc2cccc(F)c2C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14091 O=C(O)CC(=O)Oc1cccc(-c2ccc(CC3CCC(=O)NC3=O)c3ccccc23)c1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14092 O=C(O)CCc1ccc(-c2cccc(OC(=O)CC(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14093 O=C(O)CC(=O)OCCC(=O)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14094 O=C(O)CC(=O)N1CCCCC1C(Oc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)Nc1cc(N2CCOCC2)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14095 O=C(O)CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c(Cl)c1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14096 O=C(O)c1cccc(-c2cc(S(=O)(=O)c3ccc(Cc4ccccc4)cc3)c(O)c3ccccc23)c1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14097 O=C(O)CC(=O)Oc1cccc(C(CSc2cnc(C(F)(F)F)c(C(F)(F)F)c2)C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14098 O=C(O)CC(=O)Oc1cccc(-c2ccc(Oc3ccc(F)cc3)cc2)c1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14099 O=C(O)CC(=O)Oc1cccc(-c2cccc(C(=O)NC3CCCC(c4cccc5ccccc45)CC3)c2)c1 AlphaDrug 6DGQ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14100 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NC(C(=O)NC3CCC(NC(=O)OCc4ccccc4)CC3)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(N)=O)cc2)CC1 AlphaDrug 5NW7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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