DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14131 CN1CCN(C(=O)c2ccc(OC(F)(F)F)cc2)C(=O)c2ccccc21 AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14132 O=S(=O)(c1ccc(Oc2ccc(F)cc2)cc1)N1CCCC1CO AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14133 CC(C)C1CCN(c2nn(-c3cc(OC(F)F)ccc3Cl)c3ccc([N+](=O)[O-])cc23)CC1 AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14134 CC(C)C1CCN(c2nn(-c3cc(F)ccc3F)c3ccc(-c4nc(-c5ccccc5)no4)cc23)CC1 AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14135 CC(C)C1CCN(c2nn(-c3ccccc3)c3ccc(-c4nc(C(=O)NCc5ccccc5)cs4)cc23)CC1 AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14136 CC(C)C1CCN(c2nn(-c3ccccc3F)c3ccc(-c4nc(-c5ccccc5)no4)cc23)CC1 AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14137 Cc1noc(-c2ccc3c(c2)c(N2CCC(C(C)C)CC2)nn3-c2ccc(F)cc2)n1 AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14138 CC(C)CC1CCC(NC(=O)c2cc3c(O)cccc3[nH]2)C1 AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14139 CC(C)C1CCN(c2nn(C3CCCN3)c3ccc(-c4nc(-c5ccccc5)no4)cc23)CC1 AlphaDrug 6HD6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14140 NC(=O)C1CCCN(c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2C(=O)NC2CCCCC2)C1 AlphaDrug 4LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14141 NC(=O)C1CCCN(c2ccc(-c3c[nH]c4ccc(C(F)(F)F)cc34)cc2)C1 AlphaDrug 4LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14142 NC(=O)C1CCC(Nc2ccc(-c3ccc(F)c(NC4CCNCC4)n3)cc2)CC1 AlphaDrug 4LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14143 Cc1nc(C#N)c(Nc2ccc(F)cc2)nc1CSc1ccc(N2CCC(C(N)=O)C2)cc1 AlphaDrug 4LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14144 NC(=O)C1CCCN(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(OCC4CC4)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 4LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14145 NC(=O)C1(N2CCC(N3CCCC3=O)CC2)CCCN(c2ccc(C(=O)NC3CCCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4LLP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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