DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14056 CC(C)(C(=O)NC1CCc2ccc(NC(=O)Nc3ccc(F)cc3)cc2C1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14057 CC(C)(O)c1ccc(-c2cc(C(=O)NCCC(=O)O)ccc2NC(=O)c2ccc(F)cc2F)cc1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14058 Cc1n[nH]c(-c2ccc(CN3CCC(C(C)(C)O)CC3)cc2)n1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14059 CC(C)(O)c1ccc(-c2cc(-c3nccs3)ccc2NC(=O)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14060 COc1cc(-c2cc(CN3CCNCC3)cnc2C(F)(F)F)ccc1Oc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14061 COc1cc(-c2cc(CN3C=CN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)cnn2)ccc1Oc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14062 COc1cc(-c2cc(CO)ccc2C#N)ccc1Oc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14063 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NC3CCCCC3)c3nc(C)nn3c2)cc1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14064 COc1cc(-c2ccnc(C(C)(C)C)c2)ccc1Oc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14065 COc1cc(-c2cc(CN3CCN(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)n[nH]c2=O)ccc1Oc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14066 COc1cc(-c2cc(CN3CCN(c4cccnc4)CC3)cnc2C(F)(F)F)ccc1Oc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14067 COc1cc(-c2cnc(C)c(NC(=O)NCc3ccccc3)n2)ccc1Oc1ccccc1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14068 COc1cc(C(=O)NCc2ccc(F)cc2)ccc1Oc1cccc(-n2ccnc2)n1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14069 COc1cc(C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)O)ccc1Oc1cccc(C(=O)N2C=CN(c3ccc(CN4CCOCC4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 5M7U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14070 CC(=O)Nc1ccc(-c2cnc3c(C(=O)NCC(C)(C)c4cccc(C#N)c4)cccc3c2)cc1 AlphaDrug 5ORK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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