DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
14041 CC1CCCC(NC(=O)C(CCCCCc2ccccc2)NC(=O)OCc2cccc(N3C=COCC3)c2)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14042 COc1cc(F)c(C(=O)Nc2nc(N)c3ccccc3n2)c(OC)c1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14043 CC1CCCC(NC(=O)C(CCCCCc2ccccc2)NC(=O)OCc2cccc(NS(N)(=O)=O)c2)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14044 CC1CCCC(Nc2ncnc3ccc(-c4ccc(C(=O)NCCCC(=O)O)cc4C(F)(F)F)nc23)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14045 CC1CCCC(NC(=O)C(CCCCCc2ccccc2)NC(=O)OCc2cccc(-c3nnn[nH]3)c2)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14046 CC1CCCC(NC(=O)C(CCCC(=O)O)NC(=O)CNC(=O)C(N)CNC(=O)C(N)C(C)NC(=O)C(N)C(=O)O)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14047 CC1CCCC(NC(=O)C(CCCCCc2ccccc2)NC(=O)OCc2cccc(NS(C)(=O)=O)c2)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14048 CC1CCCC(NC(=O)C(CCCCCc2ccccc2)NC(=O)OCc2cccc(-c3cncc(O)n3)c2)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14049 CC1CCCC(NC(=O)C(CCCC(=O)NCc2c(F)cccc2F)NC(=O)OCc2ccccc2)CC1 AlphaDrug 4P6C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14050 COc1cc(N)c(C(=O)Nc2ccc(-c3ccccc3)cc2-c2ccc(C(C)(C)O)cc2)cn1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14051 CC(C)(O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(F)cc3)ccc2NC(=O)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14052 Cc1ncc(-c2ccc(CN3CCc4ccc(C(C)(C)O)cc4CC3)cc2)o1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14053 CC(C)(O)c1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)ccc2NC(=O)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14054 Cc1cc(C(=O)O)cnc1-c1cncc(-c2ccc(C(C)(C)O)cc2)n1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
14055 CC(C)(O)c1ccc(-c2cc(C(F)(F)F)ccc2Nc2nc(C(=O)O)ccc2F)cc1 AlphaDrug 5M25 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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