DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13981 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCCC3CO)ccn2)c2cc(O)cc(OCC3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13982 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)C2(N3CCCCC3)CCCC2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13983 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCC3)cc2)c2cccc(N3CCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13984 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(F)cc(C3CCCCC3)c2)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13985 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(F)cc(C3CCCC3)c2)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13986 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCCCC3)ccn2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13987 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2ccc(OC3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13988 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCCC3)cc3ccccc23)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13989 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2ccc(C3(C(=O)O)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13990 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCNC3)cc2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13991 Cc1ccc([SH](=O)(c2ccc(C3CCCCC3)cc2)N(C)c2ccc(C3CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13992 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C3CCCC3)cc(C)c2C)c2ccc(N3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13993 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccn(CC3CCCCC3)n2)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13994 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2ccc(C3CCCC3)cc2)c2cc(C(F)(F)F)ccc2CCCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13995 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCCC3)cc(F)c2C)c2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 3JYH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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