Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13906	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4cccc(C(F)(F)F)n4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13907	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(C5CCCC5)cc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13908	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(Nc4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4)cc(C4CCCCC4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13909	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(Nc4ccc(N5CCOCC5)cc4)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13910	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(-c4ccnc(NC5CCCC5)n4)ccc3C)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13911	Cc1ccc(OC2C=CN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4cc(C5CC5)cc(C(F)(F)F)c4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13912	CN(C(=O)Nc1cc(-c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)cc(C(F)(F)F)c1)C1CCCCC1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13913	Cc1ccc(-c2cc(Nc3cc(C4CCCC4)cc(NCc4ccccn4)n3)c(F)c(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13914	Cc1ccc(-c2cc(Nc3cc(C4CC4)cc(NC(=O)c4cccnc4)n3)ccc2Cl)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13915	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ncnc5ncccc45)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13916	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4cc(F)ccn4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13917	CN(C(=O)Nc1cccc2cnc(Nc3ccc(N4CCN(C(C)(C)C)CC4)cc3)cc12)C1CCCCC1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13918	Cc1cc(C(=O)N2CCN(c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)c3)CC2)c(F)cc1Cl	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13919	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5CCC5=O)cc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13920	Cc1ccc(OC2CCN(c3nc(-c4cccc(NS(=O)(=O)c5ccccc5)c4)ccc3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

13906 to 13920 of 73725 items. Total 4915 pages.