Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13861	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(-c4cc(N)ncn4)ccc3F)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13862	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(Nc4ccc(N5CCN(S(C)(=O)=O)CC5)cc4)cc(C4CCCC4)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13863	CN(C(=O)Nc1cccc(-c2ccc3c(NC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)cccc3c2)c1)C1CCCCC1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13864	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(Nc4ccc(C5CC5)cc4)cc(C(F)(F)F)c3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13865	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4cc(F)cc(N5CCOCC5)c4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13866	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(N)=O)cc(Nc4ccc(N5CCOCC5)cc4)n3)CC2)cc1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13867	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(C5CCN(C(C)C6CC6)CC5)cc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13868	Cc1ccc(OC2C=CN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4cccc(C(F)(F)F)n4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13869	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5CC5(C)C)cc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13870	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(C5CCCCC5)cc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13871	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ncnc5[nH]ncc45)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13872	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4)n3)CC2)cc1Cl	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13873	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ncnc5[nH]c(N)nc45)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13874	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(NS(=O)(=O)c4cccnc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13875	Cc1ccc(OC2CCN(c3cc(C(F)(F)F)cc(Nc4ccc(N(C)C(=O)C5CC5)cc4)n3)CC2)c(F)c1	AlphaDrug	4G3D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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