Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
19051	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2ccc(-c3cc(C(=O)O)ccc3CCC3CCCC3)cc2)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19052	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(CCC(=O)O)c(F)c3)cc3ccccc23)c1	AlphaDrug	1RS9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19053	C#CCc1cc(-c2cc(C)cc(OC3CCN(C(N)=O)C3)c2)ccc1-c1ccc(C)c(C)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19054	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccnnc3)cc3ccccc23)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19055	Cc1cc(OC2CCN(C(=O)CC3CCCCCC3)C2)cc(-c2ccc(C)c(C)c2)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19056	Cc1ccc(-c2ccc(OC3CCN(C(=O)CC4CCCCC4)C3)cc2C)cc1C	AlphaDrug	1RS9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19057	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(C3CC3)c2)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19058	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(CCC4CC4)c(F)c3)cc(C(C)(O)O)c2)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19059	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(CCCC(=O)O)c(C)c3)cc3ccccc23)c1	AlphaDrug	1RS9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19060	C#CCc1ccc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3cc(C)cc(OC4CCN(C(N)=O)C4)c3)c2)cc1F	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19061	Cc1cc(-c2cc(NC(c3cccc(OCCC(=O)O)c3)C3CCCCC3)ccc2Cl)on1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19062	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2ccc(-c3ccc(CCC4CCCC4)c(F)c3)c(C)c2)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19063	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(C)c(C)c3)ccn2)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19064	Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(O)c3ccc(F)cc3)cc(C(O)(F)F)c2)c1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
19065	Cc1ccc(-c2cc3c(c(-c4cc(C)cc(OC5CCN(C(N)=O)C5)c4)c2)CCCCC3)cc1	AlphaDrug	1RS9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

19051 to 19065 of 73725 items. Total 4915 pages.