DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19006 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2cc(F)cc(F)c2)c(F)cn1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19007 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3(c4ccc(S(N)(=O)=O)cc4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19008 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(F)c(F)c(-c2ccc(CC(=O)NCc3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19009 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(S(=O)(=O)C(F)(F)F)cc1Cc1ccccc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19010 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3(c4ccc(-c5cccnc5)cc4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19011 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(S(N)(=O)=O)cc1Cc1ccccc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19012 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2c(c1O)CCCC2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19013 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1Cc1ccccn1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19014 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2[nH]ccc2n1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19015 Cc1c(N(C)Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc(-c2ccc(F)cc2)c2[nH]ccc12 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19016 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1Cc1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19017 CN(c1ccccc1)c1ccc([SH](=O)(NC2(c3ccc(F)cc3)CCCCC2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19018 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2[nH]c(N)nc2n1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19019 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc2c(c(-c3ccc(F)cc3)c1)OCOC2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19020 COc1c(N(C)Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc(-c2ccc(F)cc2)c2c1CCC=C2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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