DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19066 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(O)c3ccc(Cl)cc3)cc(C(O)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19067 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(CCCC(=O)O)c(C)c3)ccc2C)c1 AlphaDrug 1RS9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19068 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C3CCCCC3)cc(C(O)c3cc(F)cc(F)c3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19069 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(N)cc(-c3ccc(CCC4CCCC4)c(F)c3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19070 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3cccc(C(O)c4ccc(F)cc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19071 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(OC3CCCCC3)cc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19072 Cc1ccc(-c2cc(C)cc(OC3CCN(C(=O)N4CCCCC4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19073 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(F)cc3)cc(C(O)c3ccc(F)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19074 Cc1ccc(-c2ccc(OC3CCCN(CC4CCCCC4)CC3)cc2C)cc1C AlphaDrug 1RS9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19075 Cc1cc(OC2CCN(C(=O)CCN3CCCCC3)C2)cc(-c2ccc(C)c(C)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19076 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(Cl)cc(-c3ccc(C(O)c4ccc(F)cc4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19077 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccn(C)n3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19078 Cc1ccc(-c2ccc(OC3CCN(C(=O)CC4CC=CCCC4)C3)cc2C)cc1C AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19079 Cc1cc(OC2CCNCC2)cc(-c2ccc(CCCC3C/C=C\CCC(O)CCC(=O)N3)c(F)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19080 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(N4CCCC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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