DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19111 Cc1cc(OC2CCCCC2O)cc(-c2ccc(-c3ccc(CCC4CCCCC4)c(C)c3)cc2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19112 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(O)c3ccc(C)c(F)c3)cc(C(O)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19113 Cc1ccc(-c2cc(C)cc(OC3CCN(C(=O)OC4CCCC4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19114 Cc1ccc(C(O)CCc2cccc(-c3cc(C)cc(OC4CCN(C(N)=O)C4)c3)c2)cc1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19115 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C)cc(-c3ccc(C)c(C)c3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19116 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C3CCCC3)cc(C(O)c3ccc(F)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19117 Cc1cc(OC2CCCN(C)CC2)cc(-c2ccc(CCC3CCCCCC(=O)N3)cc2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19118 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(O)c3ccc(F)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19119 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(C(O)c3ccc(Cl)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19120 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(O)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)cc(C(C)(O)C#N)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19121 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19122 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(CCO)cc3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19123 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(C(C)(O)c4ccc(F)cc4)cc3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 1RS9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19124 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(F)c(F)c3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19125 Cc1cc(OC2CCCN(C(=O)CC3CCCCCC3)C2)cc(-c2ccc(C)c(C)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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