DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19156 CN1CCN(c2ccc(NC(=O)Nc3ccc(Cl)cc3Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19157 CC(C)C(NC(=O)c1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19158 CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)NC(c1ccccc1)C(O)CN AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19159 CC(C)C(NC(=O)OCc1ccccn1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19160 CC(C)C(NC(=O)OCC(=O)NC(N)C(=O)O)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19161 CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(=O)O AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19162 CC(C)C(NC(=O)OCc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1cccc2ccccc12 AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19163 CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)CN)C(=O)OCc1ccccc1 AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19164 CC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccc(O)cc1)NC(=O)C(N)CCCN=C(N)N)C(=O)NC(CCCN=C(N)N)C(=O)O AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19165 C=C(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1ccccn1)C(C)C AlphaDrug 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19166 O=C(O)c1cnc(-c2ccccc2)nc1Nc1ccc([N+](=O)[O-])cc1 AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19167 O=[N+]([O-])c1cc(Cl)cc(Nc2nc(-c3ccccc3)ns2)c1 AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19168 O=[N+]([O-])c1cc(-c2cnc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)s2)ccc1Cl AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19169 O=C(O)Cc1ncc(-c2ccccc2)nc1Nc1ccc([N+](=O)[O-])cc1 AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19170 O=[N+]([O-])c1cc(Cl)cc(Nc2nc(-c3ccc(C4CCCCCC4)s3)no2)c1 AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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