DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19126 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccncc3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19127 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(CCC4CC4)c(F)c3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19128 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C3CCCC3)cc(C(C)(O)c3cc(O)cc(C(=O)O)c3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19129 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(C(C)(C)O)cc3)cc3ccccc23)c1 AlphaDrug 1RS9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19130 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(-c3ccc(CCC4CC4)c(F)c3)cc(C(C)(C)O)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19131 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2ccc(C)c(-c3cccc(CCC4CCCCC4)c3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19132 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C)cc(-c3cnnn3C)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19133 Cc1cc(O)cc(-c2cc(-c3ccc(CCC4CCCCC4)c(F)c3)ccc2C(N)=O)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19134 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(-c4cccc(F)c4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19135 Cc1cc(OC2CCN(C(N)=O)C2)cc(-c2ccc(-c3cnc(C)c(C)c3)cc2)c1 AlphaDrug 1RS9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19136 N#Cc1ccc(-c2cc(C(N)=O)nc3[nH]c(-c4cccc(OC(F)F)c4)cc23)cc1 AlphaDrug 6H8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19137 NC(=O)c1cc(-c2ccc(OC(F)(F)F)cc2)c2c(c1O)CC(F)CC2 AlphaDrug 6H8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19138 NC(=O)c1cc(-c2ccc(OC(F)(F)F)cc2)c2cc(-c3cccc(OC(F)F)c3)[nH]c2n1 AlphaDrug 6H8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19139 NC(=O)c1cc(-c2ccc(CCC(=O)O)cc2)c2c(c1O)CCCC2 AlphaDrug 6H8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19140 NC(=O)Nc1cc(-c2ccc(Cl)c(Cl)c2)ccc1OCC1CCCC1 AlphaDrug 6H8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19126 to 19140 of 73725 items. Total 4915 pages.