DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19171 O=C(NO)c1nc(Nc2ccc([N+](=O)[O-])cc2)oc1-c1ccc(C2CCCCCC2)cc1 AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19172 O=[N+]([O-])c1ccc(Nc2nc(C3CC=CCCC3)c(-c3ccccc3)o2)cc1 AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19173 O=[N+]([O-])c1cc(-c2cnc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)s2)c(Cl)cc1Cl AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19174 NC(=O)c1cnc(-c2ccccc2)nc1Nc1ccc([N+](=O)[O-])cc1 AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19175 O=[N+]([O-])c1ccc(Nc2nc(-c3ccccc3)nc3cc[nH]c23)cc1 AlphaDrug 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19176 COc1ccccc1N1CCN(C(=O)C(CC2CC2)NC(=O)c2ccccc2N2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19177 COc1ccccc1N1CCN(c2nc(C(=O)NCC(=O)N3CCN(c4ccc(F)cc4)CC3)nc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc23)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19178 COc1ccccc1N1CCN(c2nc(S(C)(=O)=O)nc3cc(-c4cccnc4)ccc23)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19179 COc1ccccc1N1CCN(c2nc(C(=O)NCC(=O)N3CCCC3)nc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc23)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19180 COc1ccccc1N1CCN(c2nc(C(=O)N3CCN(c4ncc(F)cn4)CC3)nc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc23)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19181 COc1ccccc1N1CCN(c2nc(C(=O)N3CCC(C(=O)N4CCCC4)CC3)nc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc23)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19182 COc1ccccc1N1CCN(c2nc(C(=O)N3CCN(c4ccc(F)cc4)CC3)nc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc23)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19183 COc1ccccc1N1CCN(c2nc(C(=O)N3CCN(c4cncnc4C#N)CC3)nc3cc(-c4ccc(F)cc4)ccc23)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19184 COc1ccccc1N1CCN(c2nnc3cc(F)ccc3c2C#N)CC1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19185 CNc1ccc(-c2ccc3c(N4CCN(c5ccccc5OC)CC4)nc(C(C)(C)C)nc3c2)cn1 AlphaDrug 6GNR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

19171 to 19185 of 73725 items. Total 4915 pages.