DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19186 CN(C)C1CCCN(c2cc(C(=O)O)cc(-c3cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1 AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19187 CNC1CC(C)N(c2cc(OCC(=O)O)cc(C(F)(F)F)c2)C1 AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19188 CNC1CC(C)N(S(=O)(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1c1ccc(SCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19189 CNC(=O)C1CCC(N2CCN(c3cc(-c4cc(C(N)=O)ccn4)ccn3)CC2)C1 AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19190 CNC1CC(C)N(C(C)=O)CC1C/C=C/C(C)=C/C(=O)Nc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19191 CNC1CC(C)N(c2ccc(C(=O)Nc3cc(N4CCN(C)CC4)nc(NCC(C)C)c3C)cc2)CC1CO AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19192 CNC1CC(C)N(c2cc(C(=O)O)cc(-c3cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c3)c2)CC1C AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19193 CCCNC(=O)C1CCc2nc(sc2CN(CCc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)O)-c2cccc(O)c2C1 AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19194 CCCCCCCNC(=O)C(CC)NC(=O)C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(NC(C)=O)c2)c1 AlphaDrug 5EU1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19195 O=C(c1cc(Cl)cc2[nH]c(=O)ccc12)N1CCC(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19196 O=C(C1CCCN(C(=O)N2CCC(c3cccc(C4CCCCC4)c3)CC2)C1)N1CCCC1 AlphaDrug 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19197 O=C(c1ccccc1)N1CC=C(c2ccc(Sc3ccc(C4CCCCC4)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19198 O=C(c1ccccc1)N1CCC(c2cc(F)cc(-c3ccc(OC4CC4)cc3)c2)CC1 AlphaDrug 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19199 O=C(c1cccc(OCC2CC2)c1)N1CCC(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19200 O=C(c1ccccc1)N1CCC(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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