DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
19021 CN(c1ccc([SH](=O)(c2ccc(F)cc2)N(c2ccc(F)cc2)C2CCCC2)cc1)C1CCCCC1 AlphaDrug 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19022 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2ncccc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19023 Cc1ccc(-c2cc(N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc3[nH]cnc23)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19024 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(S(=O)(=O)c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)CC2O)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19025 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3(c4nc5cc(F)ccc5[nH]4)CCCC3)C2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19026 Cc1ccc(-c2cc(N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)nn2C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19027 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc2c(c(-c3ccc(Cl)cc3)c1)OCO2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19028 COc1ccc(C(=O)c2c(C(=O)NCc3cccc(C(F)(F)F)c3)cc(C)nc2C)cc1 AlphaDrug 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19029 COc1ccc(C(=O)c2cc(C)c(C(F)(F)F)s2)cc1 AlphaDrug 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19030 COc1cccc(C(=O)c2cc(C)c(NCc3cccc(C(F)(F)F)c3)c(Cl)c2)c1 AlphaDrug 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19031 COc1ccc(OC)c(C(=O)c2cc(C)c(CC(=O)O)c3ccccc23)c1 AlphaDrug 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19032 COc1ccc(C(=O)c2cc(C(F)(F)F)ccc2/N=C\C(O)c2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19033 COc1ccc(C(=O)c2cc(CCCC3CCCCC3)ccc2C(=O)NO)cc1 AlphaDrug 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19034 COc1ccc(C(=O)c2cc(C)c(C(F)(F)F)s2)cc1 AlphaDrug 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
19035 COc1ccc(C(=O)c2cc(C)c(C(F)(F)F)s2)cc1 AlphaDrug 4P6X ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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