DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18961 COc1c(N(C)Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc(-c2ccc(F)cc2)c2c1OCCO2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18962 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(C(C)(C)C)cc2c1ncn2CC(=O)O AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18963 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc2c(c(-c3ccc(F)cc3)c1)OCCO2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18964 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2cc[nH]c2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18965 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2nccn2n1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18966 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(S(C)(=O)=O)cc1Cc1ccccc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18967 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3(c4ccc(C(N)=O)cc4)CCC3)C2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18968 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3(c4ccc(C(N)=O)cc4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18969 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)c3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18970 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2Cl)C2CC=CN(C(=O)C(=O)c3ccccc3)C2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18971 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(/C2=C/C=C3OCCN2CCOCC/C=C\3F)c(F)cn1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18972 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(C(C)(C)C)cc(N[SH](C)(C)=O)c1OC(F)(F)F AlphaDrug 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18973 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2c(c1O)CCC2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18974 Cc1n[nH]c2c(-c3ccc(F)cc3)cc(N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc12 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18975 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2ccc(F)cc2n1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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