DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18916 CC1CN(c2ccc(F)cc2)CCN1C(=O)NCc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18917 Cc1ccccc1-c1cccc(CNC(=O)N2CCN(c3cccc(Cl)c3)CC2C)c1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18918 CC1CN(c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)NCc1ccc(N2CC(C)(C)C2=O)cc1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18919 CC1CN(S(=O)(=O)c2cccc(NC(=O)c3cccc(Cl)c3Cl)c2)CCN1C(=O)NCc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18920 CC1CN(c2nn(-c3ccccc3)c3ccc(C#N)cc23)CCN1C(=O)NCc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18921 CC1CN(c2ccc(Cl)cc2)CCN1C(=O)OC(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18922 CC1CN(S(=O)(=O)c2cccc(NC(=O)c3c(O)c4ccc(Cl)cc4oc3=O)c2)CCN1C(=O)NCc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18923 CC1CN(S(=O)(=O)c2cccc(NC(=O)c3[nH]c4cc(Cl)ccc4c3O)c2)CCN1C(=O)NCc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18924 CC1CN(C(=O)C(C)(C)C)CCN1C(=O)NCc1cccc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18925 CC1CN(c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CCN1C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 6C7W ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18926 CC(=O)N1CCc2c(cccc2C(NC(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)c2ccc(Cl)cc2)C1 AlphaDrug 5MME ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18927 CC(=O)N1CCc2c(cccc2-c2ccc(C(=O)c3cccc(F)c3)cc2)C1 AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18928 CC(=O)N1CCc2c(cccc2-c2ccc(C(=O)c3ccc(N)c(C(=O)O)c3)cc2)C1 AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18929 CC(=O)N1CCc2c(cccc2-c2ccc(C3CCCC3C(=O)c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)C1 AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18930 CC(=O)N1CCc2c(cccc2-c2ccc(-c3ccncc3)cc2)C1 AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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