DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18856 CC(CC(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18857 CN(c1cccc(C(=O)O)c1)c1cc(C(=O)Nc2ccc(CC(=O)O)c(C(=O)O)c2)ccc1C(F)(F)F AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18858 CC(CC(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)c1cccc(OC(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18859 CC(CC(=O)Nc1cccc(-c2cccc(CCCC3CCCCC3)c2)c1)OC(=O)C1CC(N)C(N)C(O)C1 AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18860 O=C(O)c1ccc(-c2ccc3c(c2)C(O)CCC(CN2CCCC2)C(=O)N3)cc1 AlphaDrug 5OHA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18861 CC(CC(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18862 CC(CC(=O)Nc1cccc(-c2cccc3ccccc23)c1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18863 CC(CC(=O)Nc1ccccc1C(=O)O)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18864 CC(CC(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1)c1ccc(CC(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OHA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18865 CC(C)CC(CC(CC(=O)NO)C1CCCCC1)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NO AlphaDrug 4XU2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18866 CC(C)CC(CC(C(=O)NO)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1)NC(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4XU2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18867 CC(C)CC(CC(C(=O)NO)C(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1)NC(=O)c1ccc2cc[nH]c2c1 AlphaDrug 4XU2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18868 CC(C)CC(CC(C(N)=O)C(C)O)C(=O)NC(Cc1ccc(Cl)cc1)C(=O)NC(Cc1ccc(F)cc1F)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 4XU2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18869 CC(C)CC(CC(C(=O)NS(=O)(=O)c1ccccc1)C(C)C)OC(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4XU2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18870 CC(C)CC(COc1ccc(OCc2ccccc2)cc1)OC(=O)Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4XU2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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