DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18901 COc1ccc(C(=O)N2CCC(CO)CC2CC(O)c2cccc(O)c2)cc1C(N)=O AlphaDrug 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18902 COc1ccc(S(=O)(=O)C2CCN(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)CC2)cc1C(N)=O AlphaDrug 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18903 COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)NC3CCC(O)C3O)CC2)cc1C(N)=O AlphaDrug 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18904 COc1ccc(C(=O)N2CCC(C3CCO/C4=C/C=C(\CC3)NCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCCO4)CC2)cc1C(N)=O AlphaDrug 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18905 COc1ccc(C(=O)N2CCC(C3CCO/C4=C/C=C(\C3)NCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCCCO4)CC2)cc1C(N)=O AlphaDrug 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18906 COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)Nc3cccc4[nH]c(N)nc34)CC2)cc1C(N)=O AlphaDrug 1JN2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18907 CC(NC(=O)C1CC(NC(=O)N2CCCC2)CO1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18908 CC(NC(=O)C1CC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc4cnn(Cc5ccccc5)c34)cc2)CO1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18909 CC(NC(=O)C(Cc1ccncc1)NC(=O)NC(C)(C)C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18910 CC(NC(=O)C1OCC(NC(=O)c2ccc(-c3cccc4cnn(Cc5ccccc5)c34)cc2)O1)c1ccc2c(c1)n(C)c(=O)n2C AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18911 CC(NC(=O)C1OCC(NC(=O)c2ccc(Cl)cc2Cl)NC1=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18912 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(N(Cc3ccc(C#N)cc3)CC3CCN(C(=O)c4cnccn4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18913 CC(NC(=O)c1ccc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)nc1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18914 Cc1ncc(C2COC(C(=O)NC(C)c3cccc(Cl)c3)CC(=O)N2)nc1C(F)(F)F AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18915 CC(NC(=O)C1C2C(NC(=O)c3cccc(C(F)(F)F)c3)CCC2C1(C)C)c1ccnc(C(C)(C)C)n1 AlphaDrug 4ZJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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