Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
18886	COc1ccc(C(=O)N2CCCC(C(O)c3ccc(OC4CCCC4)c(O)c3)C(O)C2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18887	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(C)(C)c3ccc(O)cc3)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18888	COc1ccc(C(=O)N2CC(O)C(O)C(O)c3ccccc32)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18889	COc1ccc(C(=O)N2CCC(CO)C(O)c3ccccc32)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18890	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(N)=O)C(O)c3ccccc32)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18891	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)NC3CCCCC3)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18892	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C3CCO/C4=C\C=C(/C3)NCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCCCO4)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18893	COc1ccc(C(=O)N2CCC(N)C(=O)N(Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18894	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)Nc3ccc(C4CCCC4)c(CO)c3)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18895	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)Nc3ccc(C4CCCCC4)cc3)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18896	CC(C)(C)N1C(=O)CN(Cc2ccc(C(=O)O)cc2)C1=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18897	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)NCc3ccc(C4CCCC4)cc3)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18898	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(O)c3ccc4[nH]cc(C)c4c3)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18899	COC(=O)C(CN1CCC(O)C1)c1ccc(S(=O)(=O)N2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18900	COc1ccc(C(=O)N2CCC(C(=O)O)CC2)cc1C(N)=O	AlphaDrug	1JN2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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