DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18946 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(N3CCCC3)cc2)c(F)cn1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18947 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccccc2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18948 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccccc2)c2[nH]ccc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18949 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2cc(O)cc(F)c2)c(F)cn1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18950 Cc1ccc(-c2cc(N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc3c2OCO3)cn1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18951 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2ccccc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18952 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2[nH]ncc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18953 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2ncnn2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18954 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(CCC(=O)O)cc2)c(F)cn1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18955 Cc1ccc(-c2cc(N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc3cc[nH]c23)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18956 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2n[nH]cc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18957 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)c(F)c2)c(F)cn1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18958 Cc1ccc(-c2cc(N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc3c2OCO3)o1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18959 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc2c(c(-c3ccc(F)cc3)c1)CCN(CCO)CC2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18960 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3(c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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