DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18931 CC(=O)N1CCc2c(ccc3ccc(CC(N)=O)cc23)C1 AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18932 COc1ccc(C(=O)Nc2cccc(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)c2)cc1-c1ccc(C)cc1 AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18933 CC(=O)N1CCc2c(-c3ccc(C(=O)NCc4ccc(C(=O)O)cc4)cc3)ccc(C(N)=O)c2C1 AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18934 C/C(C(=O)O)=C1\c2cc(NC(=O)c3ccc(N4CCN(C(=O)C(Cc5ccccc5)N(C)C(=O)c5ccccc5)CC4)cc3)ccc2C(=O)NC1C(C)C AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18935 CC(=O)N1CCc2c(cccc2-c2ccc(N3CCCC3)nc2)C1 AlphaDrug 5MME ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18936 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc2c(c(-c3ccc(F)cc3)c1)CCC2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18937 COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2ccccc2)C2CCCN(C(=O)C3(c4ccc([SH](C)(N)=O)cc4)CC3)C2)cc1 AlphaDrug 4H3C ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18938 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccccn2)c2[nH]ccc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18939 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(C(=O)NC2(C(=O)O)CCCC2)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18940 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2[nH]cnc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18941 Cc1ccc(-c2cc(N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc3c2OCO3)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18942 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc2c(c(-c3ccc(F)cc3)c1)OC(C)(C)C(=O)CO2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18943 COc1c(N(C)Cc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc(-c2ccc(F)cc2)c2c1CCC2 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18944 CN(Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1cc(-c2ccc(F)cc2)c2ccc(F)cc2c1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18945 Cc1ccc(-c2cc(N(C)Cc3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc3c2CCCC3)cc1 AlphaDrug 4H3C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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