DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18826 CNC(=O)c1ccc(CSc2cc(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)ccc2F)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18827 CNC(=O)c1ccc(CSc2cc(NC(=O)c3ccc(-c4cccnc4)cc3)cc(-c3ccccc3)n2)cc1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18828 CNC(=O)c1ccc(CSc2cc(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)ccn2)c(C2CCCCC2)n1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18829 CNC(=O)c1ccc(CSc2cc(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(CC(C)(C)C)cc4)cc3)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18830 CNC(=O)c1ccc(CSc2cc(F)cc(NC(=O)c3ccc(-c4cccs4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18831 CNC(=O)c1ccc(CSc2cc(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18832 CN1CCN(c2nc(C(=O)NCC(c3ccccc3)c3ccccc3)c(Cl)cc2Cl)CC1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18833 CNC(=O)c1ccc(CSc2cc(NC(=O)c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)cc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18834 CNC(=O)c1ccc(CSc2cc(NC(=O)c3ccc(-c4ccc5nc(C)nn5c4)cc3)ccc2Cl)cc1 AlphaDrug 4PQA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18835 CCCC(Cc1ccc(C(N)=O)cc1)NC(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6JAD ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18836 CC(NC(=O)c1ccc(Cl)cc1)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18837 CCC(CC)Cc1ccc(C(=O)OCc2ccc(C(=O)O)cc2)c(O)c1 AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18838 COc1cncc(OC)c1C(=O)Nc1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18839 CCCc1cn(Cc2nc3cc(Cl)ccc3n2Cc2ccc(O)cc2)c2ccccc12 AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18840 CCC1=CN(c2ccccc2)Cc2ccc3ncccc3c2C1=O AlphaDrug 6JAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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