Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
18766	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C(C)(C)C)cn2)ccc1-c1ncnc2[nH]c(-c3ccncc3)cc12	AlphaDrug	5OQU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18767	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C)c(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)NCC1CCC(NC(=O)OC(C)(C)C)C1	AlphaDrug	5OQU	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18768	Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)NC(CCCN)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)O)cc2N)cc1-c1ccc(C(C)CC(=O)OC(C)(C)C)cc1	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18769	CCC(C)n1c(-c2nc3cc(C(=O)NCC(=O)O)ccc3n2CCCCO)nc2ccc(Cl)cc21	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18770	Cc1nc2ccc(-c3nc(-c4ccc(C(=O)NCCCCCCCCCCC(=O)NO)cc4)no3)cc2n1C(C)C	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18771	CC(CC(=O)Nc1ccccc1)C1=CCCC(NC(=O)c2ccc3ccccc3c2)CC1	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18772	CC(CN(C(=O)CCC(=O)Nc1ccccc1)C(C)C)c1ccc2ccnc(NC(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2c1	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18773	Cc1ccc(C(=O)Nc2ccc(-c3ccc(Cl)cc3)cc2N)cc1C(C)CC(=O)Nc1cccc(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18774	CC(CCNC(=O)c1ccc2nc(-c3c(N)c4c(Cl)cccc4[nH]c3=O)[nH]c2c1)C(C)(C)C	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18775	CC(C)n1c(-c2nc3cc(-c4ccnc(Cl)c4)ccc3nc2N)nc2cc(Cl)ccc21	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18776	Cc1[nH]nc(N)c1-c1nc2cc(C(=O)NCCC(C)c3ccc(C(=O)Nc4ccccc4)cc3F)ccc2n1C	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18777	CC(C)Oc1ccc(-c2cc(C(=O)Nc3ccc(C(C)(C)C)cc3)cnc2N)cc1	AlphaDrug	5G60	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18778	Cc1ccc(-c2[nH]c(-c3ccccc3)nc2-c2cccc(O)c2)cc1	AlphaDrug	4URZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18779	Cc1ccc(-c2[nH]c(-c3ccccc3CNC(=O)c3ccc(F)c(-c4ccccc4)c3)nc2-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	4URZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18780	Cc1ccc(-c2[nH]c(-c3ccccc3CNC(=O)c3ccc(F)c(Cl)c3)nc2-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	4URZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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