DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18721 O=C(NC1CCN(C2CCCCC2c2cc(C(=O)c3cc(O)ccc3C(=O)O)ccc2O)CC1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18722 O=C(O)c1ccc(Oc2ccc(O)c(C3CCN(c4ccc(C(=O)Nc5ccc(F)c(C(F)(F)F)c5)cc4)CC3)c2)cc1 AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18723 O=C(NCc1ccc(F)cc1)C(CO)N1CCN(c2ncnc3cc(-c4ccncc4)ccc23)CC1 AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18724 O=C(NC1CCCCC1C(=O)Nc1ccc(F)cc1)c1cc(NC(=O)c2cc(O)ccc2C(=O)O)ccc1O AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18725 O=C(NC1CCCC1NC(=O)c1cc(C(=O)N2CCCC2c2cc(O)ccc2C(=O)O)ccc1O)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18726 O=C(CNC(=O)c1cc(C(=O)NC2CCCCC2c2ccc(NC(=O)c3cc(OC(F)(F)F)ccc3C(=O)O)cc2)ccc1O)NCc1ccc(F)cc1 AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18727 O=C(O)c1ccc(O)c2c(=O)cc(-c3ccc(OC4CCN(C(=O)NCc5ccccc5)CC4)cc3)oc12 AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18728 O=C(O)c1cccc(NCC2C=CN(c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18729 CC(C)c1ccc(COc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2)nc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18730 CC(C)c1ccc(-c2ccc3ccc(NC(=O)c4ccnc(C(F)(F)F)c4)nc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18731 CC(C)c1ccc(-c2ccc3ccc(NC(=O)CN4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)cc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18732 CC(C)c1ccc(-c2ccc3ccc(NC(=O)NC(C)c4ccncc4)cc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18733 CC(C)c1ccc(-c2ccc3ccc(NC(=O)C4(C(=O)c5ccc(Cl)cc5)CCNC4)cc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18734 CC(C)c1ccc(-c2ccc3ccc(NCc4ccnc(C(F)(F)F)c4)cc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18735 CC(C)c1ccc(-c2ccc3ccc(NC(=O)c4ccnc(C(F)(F)F)c4)cc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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