DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18706 CC(NC(=O)c1ccc(NC(=O)c2cnc(-c3cccc(Cl)c3)s2)cc1)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18707 CCOC(=O)C(C)NCC(=O)c1ccc(-c2nnn(Cc3ccc(Cl)c(Cl)c3)c2C)cc1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18708 O=C(Nc1ccc(-c2nnn(-c3ccccc3)c2-c2ccc(C3CC3)cc2)cc1)N1CC(O)C1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18709 COc1cc(NCc2cc(-c3cc(=O)n(C)c4ccccc34)ccc2N)ccc1CNC(=O)c1cc(=O)[nH]nc1OC AlphaDrug 5JSJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18710 COc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3ccccc3)c2)ccc1NCc1cc(=O)n(CC2CCCCC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18711 Cc1c(O)cccc1NC(=O)c1cc(OCCOc2cc(OCC(=O)O)ccc2N)ccc1O AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18712 COc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)ccc1NCc1cc(=O)n(CC2CCCCC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18713 COc1cc(NCc2cc(-c3ccccc3)ccc2N)ccc1CC(N)=O AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18714 COc1cc(NCc2cc(-c3cc(=O)n(C)c4ccccc34)ccc2N)ccc1NC(=O)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18715 COc1cc(NCc2cc(-c3cc(=O)n(C)c4ccccc34)ccc2N)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2C)cc1 AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18716 COC(=O)CSc1cc(NC(=O)c2ccc(-c3cc(=O)[nH]c4ccccc34)cc2)cc(OC)c1 AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18717 COc1cc(NCc2cc(-c3cc(-c4ccccc4OC)nc(N)n3)ccc2N)ccc1CCC(N)=O AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18718 COc1cc(NCc2cc(-c3cc(=O)n(C)c4ccccc34)ccc2N)cc(OC)c1C AlphaDrug 5JSJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18719 N#CC(c1ccc(O)c(C(=O)NC2CCCCC2NC(=O)c2ccc(O)cc2)c1)c1cc(O)ccc1C(=O)O AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18720 O=C(O)c1ccc(O)cc1C1CCCC(NC(=O)c2ccc(O)c3ccc(O)cc23)CC1 AlphaDrug 4UC5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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