DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18691 O=C(NCc1c(-c2ccc(F)cc2)oc2ccccc12)c1csnc1-c1ccccc1 AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18692 Fc1ccc(-c2cnc(NCCC3CCCCC3)nc2-c2ccccc2)cc1F AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18693 O=C(c1nc(-c2ccc(F)cc2)c(Cl)[nH]1)N1C=CCCC1 AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18694 Cc1c(-c2ccc(F)cc2)oc2c(-c3ccccc3)ncnc12 AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18695 Fc1ccc(C2=CCCc3cc(NCc4ccccc4)ncc32)cc1 AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18696 O=C(c1ccccc1)N1CCN(Cc2[nH]cnc2-c2ccc(F)cc2)CC1 AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18697 Fc1ccc(-c2[nH]nc3c(-c4ccccc4)nn(C4CCCCC4)c23)cc1Cl AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18698 O=C(C1COC(c2ccccc2)C1)N1CCC(c2ccc(F)c(F)c2)CC1 AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18699 CCOC(=O)c1ccc(-n2ncc(-c3cnc(C4CCNCC4)s3)n2)cc1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18700 CCOC(=O)c1ccc(-c2nc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c(C3CCCCC3)s2)cc1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18701 CCOC(=O)c1c(Cl)cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccccc3)cc2)cc1NC1CCC(N(C)C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18702 CCOC(=O)N1CCC(n2c(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)nc3cc(F)cc(-c4cnc(C(F)(F)F)cn4)c32)C1 AlphaDrug 5GSA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18703 CCOC(=O)c1ccc(-c2nnn(Cc3ccc(C#N)cc3)c2C)cc1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18704 CCOC(=O)c1cccc(Oc2cccc(NCc3cccc(C#N)c3)c2)c1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18705 CCOC(=O)c1c(C)cc(OC)cc1CN1CCC(NC(=O)COc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 5GSA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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