DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18676 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(Nc2cc(Cc3ccccc3C(F)(F)F)c3ccccc3n2)CC1 AlphaDrug 5HZ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18677 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(Nc2cc(Cc3ccccc3/C=N/C(=O)c3cccc(Cl)c3)cc3cccnc23)CC1 AlphaDrug 5HZ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18678 CC(CNC(=O)c1ccc2ccccc2c1)c1cc2cc(C(N)=O)nc(C(=O)O)n2c1 AlphaDrug 5HZ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18679 CC(C)(C)OC(=O)N1CCC(Nc2cc(Cc3ccccc3COCC(=O)O)c3cccnc3c2)CC1 AlphaDrug 5HZ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18680 COc1cc(Nc2ccccc2F)c(Oc2ccc(F)c(C(=O)N3CCCCC3)c2)c2ccccc12 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18681 COc1ccc(OC)c(C(=O)Nc2cc(Cl)cc(Oc3ccc(C(N)=O)cc3)c2)c1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18682 COc1cc(Nc2cc(Oc3ccc(N(C)C(=O)C4CCCCC4)cc3)ccc2Cl)cc(OCC(=O)NS(=O)(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18683 COc1cc(CN2CCN(C(C)(C)C3CCCCC3)CC2)ccc1Nc1ccc(C(N)=O)cc1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18684 COc1cc(Nc2cc(Oc3ccc(NC(C)=O)cc3)cc(Oc3cnccn3)c2)cc(OC)c1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18685 NC1CCCCCCCCCCCC(=O)Nc2cc(Oc3ccc(F)cc3)c(O)cc2O1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18686 COc1cc(Nc2cc(Oc3ccc(NC(C)=O)cc3)cc(Oc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc(OC)c1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18687 COc1ccc(OCC2CCN(C(=O)C3CCC(N(C(=O)C4CCCC(N5CCCCC5)CC4)C4CC4)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18688 COc1cc(OC)c(OC)cc1Nc1cc(Oc2ccc(NC(C)=O)cc2)cc(Oc2cccc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18689 COc1cc(Nc2cc(Oc3ccc(NC(C)=O)cc3)cc(Oc3ccc(O)c(F)c3)c2)cc(OC)c1 AlphaDrug 5MGJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18690 O=C(NCc1c(-c2ccc(F)cc2)oc2ncccc12)c1cnc(-c2ccccc2)cc1N1CCOCC1 AlphaDrug 6R1A ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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