DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18736 CC(C)c1ccc(-c2ccc3c(NC(=O)c4ccc(S(N)(=O)=O)cc4)ncnc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18737 CC(C)c1ccc(-c2ccc3ccc(NS(=O)(=O)c4ccccc4)cc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18738 CC(C)c1ccc(-c2ccc3ccc(NC(=O)NC4CCN(CC(N)=O)CC4)cc3c2)cc1 AlphaDrug 6C9S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18739 CCCC(=O)N1CCC(OCCCCCC(=O)NS(=O)(=O)c2ccc3ccccc3c2)CC1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18740 CC(=O)Nc1nnc(-c2ccc(C(=O)NCC3CCCCC3)cc2)o1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18741 CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCC(C)C(=N)N)cc1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18742 CC(=O)N1CCCCC1Cc1ccc(-c2ccc3c(C)occ3c2)cc1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18743 COC(=O)c1ccccc1C(=O)Nc1ccc(C(C)(C)C(C)C)cc1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18744 CCN1CCCCC1(C)Oc1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1NC(=O)NC(c1ccccc1)C1CC1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18745 CC(=O)N1CCC(OCc2ccc(C(=O)N3CCC4(C(C)(C)C)CCC(C4)NC(=O)C3)cc2)CC1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18746 CC(=O)N1CCc2cc(O)c(O)c(C(=O)N3CCCCC3)c2C1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18747 CCC(C)C(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(C)/C=C/C(=O)NCC(C)(C)C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(N)=O AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18748 CC(=O)N(C)c1ccc(C(=O)Nc2ccc(C(=O)Nc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 4XTV ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18749 Oc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)c2O)cc1 AlphaDrug 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18750 Oc1ccc(-c2cc(NCc3ccc(OCCN4CCOCC4)cc3)cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

18736 to 18750 of 73725 items. Total 4915 pages.