Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
18796	CCc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)OC2CCN(c3nc4ccccc4s3)C2)cc1	AlphaDrug	4U6Z	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18797	C[PH](=O)(=O)c1ccc2ccc(-c3cc(-c4cccc(C(=O)O)c4)on3)cc2c1	AlphaDrug	6DPT	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18798	NC(=O)C1CCCC(NC(=O)c2ccc(N)c(N)c2)C(=O)N1c1cccc(-c2ccccc2)c1	AlphaDrug	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18799	NC(=O)C1CC/C(=C(\NS(=O)(=O)c2ccc3ccc(Oc4ccc(F)cc4)cc3c2)c2ccc(Cl)cc2)N1	AlphaDrug	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18800	NC(=O)C1CC/C(=C(/CSc2nc(NS(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)nc3ccccc23)C(=O)NC2CC2)N1	AlphaDrug	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18801	NC(=O)Nc1ccc(-c2ccc(-c3cccc(OC(=O)NC4CCNC4=O)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18802	NC(=O)C1CC/C(=C(/NS(=O)(=O)c2ccc3ccc(Oc4ccccc4)cc3c2)c2ccc(O)c(O)c2)N1	AlphaDrug	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18803	NC(=O)C1CC/C(=C(/NS(=O)(=O)c2ccc3ccc(Oc4ccc(Cl)cc4)cc3c2)C(=O)O)N1	AlphaDrug	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18804	NC(=O)C1CC/C(=C(/NS(=O)(=O)c2ccc(-c3ncnc4ccc(-c5cccnc5)cc34)cc2)C(F)(F)F)N1	AlphaDrug	6DPT	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18805	CCC(C)C(NC(=O)c1ccc(OC)cc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(Cc1cccc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NC1CCC(O)C(O)C1O	AlphaDrug	4Y3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18806	CC1(C)CN(CCc2ccc(C(=O)NC(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)C(=O)O)cc2)CCN1C(=O)c1ccccc1	AlphaDrug	4Y3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18807	CCC(C)C(NC(=O)c1ccc(OC)cc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC1CCC(C(=O)OCC2CC2)C1	AlphaDrug	4Y3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18808	CCC(C)C(NC(=O)c1ccc(Oc2ccc(Cl)cc2)cc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC1CCC(C(=O)O)C1	AlphaDrug	4Y3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18809	CCC(C)C(c1ccc(C(F)(F)F)cc1)N1CC(C(=O)NC(O)C2CCCCC2)C1	AlphaDrug	4Y3Y	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
18810	CCC(C)C(NC(=O)c1ccc(OC)cc1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC1CCC(C(=O)NC2C(O)C(O)C(O)C2O)C1	AlphaDrug	4Y3Y	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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