DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
18751 Oc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)cc1 AlphaDrug 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18752 O=C(O)CCNC(=O)c1cc(NCc2nnc(-c3ccc(F)cc3)o2)c(F)c(-c2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18753 Oc1ccc(CNc2cc(-c3ccc(O)cc3)cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18754 Oc1ccc(-c2cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)cc(-c3cccc4ccccc34)c2)cc1 AlphaDrug 4LJ5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18755 Oc1ccc(-c2cc(NCc3nnc(-c4ccc(Cl)cc4)o3)cc(-c3cccc(Cl)c3)c2)cc1 AlphaDrug 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18756 Nc1nc(NC2CCCCC2)cc(-c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)n1 AlphaDrug 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18757 O=C(O)c1cccc(/C=N/c2cc(-c3ccc(O)cc3)cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 4LJ5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18758 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C(C)(F)F)cn2)ccc1-c1nnc2[nH]cc(-c3ccc(OC(F)(F)F)cc3)c2n1 AlphaDrug 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18759 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(O)c(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)NCC(=O)Nc1ccncc1 AlphaDrug 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18760 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc(C(=O)Nc2ncnc3[nH]cc(OCC(F)(F)F)c23)c1 AlphaDrug 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18761 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(F)cc2)ccc1-c1cc2n(c1)CCN(CC(F)(F)F)CC2 AlphaDrug 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18762 Cc1cc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1cnc2[nH]cc(C)c2c1 AlphaDrug 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18763 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cn2)cc(-c2ccc3[nH]cc(C#N)c3c2)c1 AlphaDrug 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18764 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(F)cc2)cc(/C=C/c2cccnc2)c1-c1ccnc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5OQU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
18765 Cc1cc(NC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)ccc1-c1nnc2[nH]cc(-c3ccc(F)cc3)c2n1 AlphaDrug 5OQU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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